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>> Infection virale respiratoire, quand et comment faire le diagnostic ?

L'infection respiratoire communautaire est la pathologie infectieuse la plus rencontrée en médecine de ville. Les virus impliqués circulent selon une saisonnalité bien connue en France. Pendant l"été et au début de l'automne, ce sont les entérovirus et les rhinovirus qui circulent majoritairement. Le virus respiratoire syncytial (VRS), le métapneumovirus humain et les virus grippaux sont détectés presque exclusivement en hiver. Les parainfluenzae de type 3 (PIV-3) circulent en hiver et au printemps alors que les parainfluenzae de type 1 (PIV-1) et 2 (PIV-2) sont surtout présents à l'automne. Enfin, la circulation des adénovirus n'a pas de saisonnalité marquée.

Les virus respiratoires sont responsables de pathologies respiratoires aiguës de courte durée (4 à 7 jours) et d'expression clinique variée (1). Les virus grippaux sont responsables de syndrome grippal et de pneumopathie. Les virus parainfluenzae sont à l'origine de laryngite et de bronchiolite. Le VRS est le principal responsable de la bronchiolite du nourrisson mais il peut aussi infecter les adultes immunodéprimés et les personnes âgées et peut déclencher des crises d'asthme. Le métapneumovirus humain est également à l'origine de bronchiolites. Les adénovirus donnent surtout des pharyngites et des pneumopathies et les rhinovirus, principalement responsables de rhumes ou d'atteintes ORL bénignes, sont aussi impliqués dans des bronchiolites ou des pneumopathies sévères.

Le site primaire de la réplication virale est l'épithélium cilié des voies aériennes supérieures, quelque soit le virus. L'excrétion virale se faisant au niveau du nez pendant 4 à 7 jours (1), les prélèvements à visée diagnostique doivent être réalisés dans les 2-3 premiers jours de la maladie. Chez l'adulte, le plus simple est la réalisation d'un écouvillonnage nasal (les 2 narines doivent être prélevées). Chez l'enfant jusqu'à 2 ans, l'aspiration naso-pharyngée est mieux adaptée Selon la technique diagnostique mise en œuvre, les prélèvements seront acheminés tels quels au laboratoire ou placés dans un milieu de transport spécifique pour virus (tableau). Le délai d'acheminement au laboratoire conditionne la qualité des résultats. Les échantillons placés dans un milieu de transport peuvent être conservés à 4°C pendant 24 à 72h avant leur prise en charge au laboratoire. En l'absence de milieu de transport, le prélèvement doit être placé à 4°C et acheminé au laboratoire dans les 8h.

Le diagnostic virologique repose sur des techniques de détection directe d'antigènes viraux par immunofluorescence ou immunochromatographie, de détection des génomes viraux par (RT)-PCR et d'isolement viral en culture cellulaire. La détection de virus respiratoires par biologie moléculaire s'est beaucoup développée ces dernières années offrant maintenant de larges panels de détection avec des niveaux de sensibilité et de spécificité élevés. Cependant, ces tests sont plutôt destinés au diagnostic des infections sévères nécessitant une hospitalisation ou survenant chez des personnes fragilisées. La détection de virus respiratoires par immunofluorescence ou immunochromatographie est bien adaptée au diagnostic des infections communautaires : elle permet un diagnostic en 2 à 4h avec une sensibilité et une spécificité acceptable (2). Ces tests diagnostiques sont cependant fortement dépendants de la qualité du prélèvement initial. Enfin, l'isolement viral en culture cellulaire reste la technique de référence pour le diagnostic des infections virales respiratoires même si le délai de rendu des résultats est trop long pour le diagnostic d'infection aiguë. Au CHRU de Lille, le diagnostic des infections virales respiratoires est réalisé par détection directe rapide par immunofluorescence ou par détection des génomes viraux par biologie moléculaire.

La sérologie peut être mise en œuvre, mais elle ne permet qu'un diagnostic rétrospectif puisque l'interprétation des résultats requiert l'analyse de deux échantillons successifs de sérum à 15 jours d'intervalle.

En conclusion, la confirmation virologique des infections respiratoires est indispensable pour les tableaux cliniques sévères justifiant une hospitalisation, survenant chez des personnes fragilisées (immunodéprimés, pathologies pulmonaires chroniques, nourrissons ...) ou dans leur entourage.

Dr Anne Goffard, Maître de Conférence et PH attaché, Dr Brigitte Prévost, PH.

Laboratoire de virologie, CBP, CHRU de Lille.

VIRUS

EXAMEN DIRECT

PCR

VRS

+++

+++

INFLUENZA A ET B

+++

+++

PARAINFLUENZA 1,2,3

+++

+++

ADENOVIRUS

4°C

+++

ENTEROVIRUS

+

+++

RHINOVIRUS

-

+++

METAPNEUMOVIRUS

+++

+++

PRELEVEMENT

ECOUVILLON/ASPIRATION

ECOUVILLON/ASPIRATION

TRANSPORT

0,5 ML EAU PHY STERILE

MILIEU M4RT

TEMPERATURE ACHEMINEMENT

4°C

4°C

Synthèse sur le diagnostic des infections virales respiratoires au CHRU de Lille

Bibliographie :

1. A. Mosnier et B. Lina, Lettre du pneumologue 2004 vol II, n°2 : 57-62.
2. M. Leruez-Ville, Revue française d'allergologie 2006 vol 46 : 538-42.

Pour aller plus loin :

C. Ginocchio, McAdam A. Current Best Practices for Respiratory Virus Testing. J. Clin. Microbiol. 2011 49 suppl 9: S44-8.


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